برنامه درسی معمولاً شناخت ها، دانش ها، نگرش ها، ارزش ها و رفتارهای ویژه را به دانش آموزان القاء می‌کند. اگر در برنامه درسی مدارس آموزش‌های دینی جایی نداشته باشد و تنها به تربیت علمی و حرفه ای دانش آموزان توجه شود، این تصور به دانش آموزان القاء می‌شود که دین و آموزه‌های دینی حتی به اندازه حرفه هایی مانند نجاری و بنایی ارزش ندارد. از سوی دیگر ممکن است مدارس به تربیت دینی بپردازند، ولی اولاً: برخی ابعاد دین راآموزش می‌دهند و ثانیاً: تربیت دینی را به چشم امری فرعی و کم اهمیت بنگرند. در این صورت، این تصور در دانش آموزان ایجاد می‌شود که این امری بسیار کم اهمیت است و تنها برای رفع تکلیف باید به آن پرداخت .
از میان کتاب‌های درسی، کتاب‌های دین و زندگی اهمیت بالاتری دارند. وجود تنوع در مطالب کتاب دین و زندگی، استفاده از آثار نویسندگان و متفکران اصیل و مشورت کردن با خود دانش آموزان برای انتخاب مطالب درسی دینی، می‌تواند این اطمینان را به دانش آموزان بدهد که به هیچ وجه، هدف از کلاس دینی، تحمیل پاره ای از آموزه‌های از پیش تعین شده نیست. در این رابطه می‌توان از دانش آموزان نظر سنجی کرد. وجود چند نوع کتاب تدوین شده می‌تواند دایره انتخاب دانش آموزان را وسیع‌تر سازد؛ به طوری که به کتاب دینی به منزله یک کتاب مقدس بنگرند. و آن را کتابی نپندارند که پر از مسائل قدیمی است که در دنیای امروز کاربردی ندارد. همچنین عدم آشنایی برنامه ریزان و مؤلفان کتب دینی با دین پژوهی‌های معاصر و تغییر و تحولات نوینی که در عرصه دین پژوهی صورت گرفته است، یکی دیگر از آسیب‌های جدی در برنامه ریزی و محتوای آموزشی است
