با توجه به اهمیت مدرسه به عنوان یک نظام اجتماعی و نقش آن در تربیت دینی دانش آموزان در این پژوهش تلاش شده راهکارهایی برای دستیابی به این تربیت دینی ارائه شود، بنابراین با استفاده از روش تحقیق توصیفی با تکیه بر مبانی نظری به تحلیل و سپس نتیجه گیری پرداخته و در پایان راهکارهایی برای جلوگیری از آسیب‌های تربیت دینی در مدرسه ارائه شده است. روش گرداوری اطلاعات به شیوه‌ی کتابخانه ای بوده است. در این پژوهش با استفاده از روش تحلیل کیفی به بررسی اطلاعات و تجزیه و تحلیل آنها بر اساس منطق و استدلال و در نهایت اظهار نظر درباره فرضیه ها پرداخته شده است. این پژوهش نشان می‌دهد که معلم، برنامه درسی و گروه دوستان و هم کلاسی ها در تربیت اعتقادی، اخلاقی و عبادی نقش دارند. عدم رعایت اصول تربیتی، ناکارآمدی محتوای کتب درسی، تعارض میان آنچه در مدرسه به دانش آموز آموزش داده می‌شود با آنچه از خانواده و محیط کسب کرده، عدم هماهنگی میان کادر مدرسه و رفتارهای ضد ارزشی گروه دوستان و همکلاسی ها از جمله عواملی هستند که موجب آسیب به تربیت دینی دانش آموزان خواهد شد.
